駐日美國海軍司令部位於本基地。作為美國第七艦隊的據點，以往是小鷹號航空母艦（USS Kitty Hawk CV-63）與其他搭載神盾戰鬥系統的巡洋艦、驅逐艦事實上的母港。除此之外本基地還擁有士兵宿舍、醫院、電影院、軍官俱樂部、美軍超市等生活設施。

作為美國國土以外唯一一處具有航空母艦母港機能的港口，橫須賀海軍設施擁有優秀的人員與設施，是美軍非常重要的基地。如果此處無法使用，則美軍必須花費半個至一個月的時間移動到夏威夷珍珠港甚至美國本土才可修理。

美國海軍自2008年起，以核動力的華盛頓號航空母艦（USS George Washington CVN-73）接替返美除役的傳統動力小鷹號航空母艦於本地的防務。對其搭載的核反應爐安全性的不安，也引起當地許多討論。

2014年1月14日，美國海軍宣布雷根號航空母艦將在2015年10月1日取代返美進行中期大修並更換核燃料的喬治·華盛頓號，常駐日本橫須賀基地。